父系のルーツを辿ることができるY染色体ハプログループは、数万年にわたる長期的な追跡に適しており、1990年代後半から研究が急速に進展した。それに伴い、現代日本人は従来考えられてきたよりも色濃く古モンゴロイド的縄文人の血を引き継いでいる事が判明してきた。
谷満の分析では、日本人は主にY染色体ハプログループD1a2aの縄文系とハプログループO1b2の弥生系を起源とする事が明らかになった。このハプログループD1a2aはアイヌ人・沖縄人・本土日本人の3集団に多く見られるタイプであり、朝鮮半島や中国人（漢民族）には全く見られない。このハプログループD1a2aはアイヌ人の88%に見られることから、D系統はかつての縄文人（旧石器時代のシベリア）のものであると考えられている。但し縄文人のハプログループがD1a2aだけだった訳ではなくハプログループC1a1もあったことが知られているが、多数派として現在まで伝わったハプログループがD1a2aだといえる。
ハプログループD系統はYAP型（YAPハプロタイプ）ともいわれ、現代アジアにおいて支配的なO系統やC2系統とは分岐から7万年以上経ており、最も近縁であり同じYAP型であるE系統とも6.5万年前に分岐した系統である。現在D系統は、日本列島以外で高頻度の地域はチベット[12][13]とアンダマン諸島しかない。
なお、当時の弥生人や現代東アジアにおいて支配的なO系統は、ウラル系のN系統やコーカソイド系において最多的なR系統などと近縁であり、YAP型（D系統、E系統）とは全く異なるグループである。以上のことから縄文人から自然進化的に弥生人が派生したという説は完全に否定されている。
日本列島にD系統の人々が入ってきたのは数万年前の最終氷期地続きの時代と考えられている。その証拠として、日本人のD系統にのみ見られる多くのSNPの発生があげられる。SNPは突然変異により発生する確率的な事象であるから、発生数によって時間の経過が分かるのである。日本固有のD1a2a系統はその発生から3.5-3.7万年ほどたっているとされ[15]、考古学から求められる日本列島に最初に現生人類集団が到来した時期と一致している。
부계의 루트를 더듬을 수 있는 Y염색체하 프로 그룹은, 수만년에 걸치는 장기적인 추적에 적절하고 있어 1990년대 후반부터 연구가 급속히 진전했다.거기에 따라, 현대 일본인은 종래 생각할 수 있어 왔던 것보다도 현저하고 고황색인종적 죠몽인의 혈통을 받아 잇고 있는 것이 판명되어 왔다.
타니 미츠루의 분석으로는, 일본인은 주로 Y염색체하 프로 그룹 D1a2a의 죠몽계와 하 프로 그룹 O1b2의 3월계를 기원으로 하는 것이 밝혀졌다.이 하 프로 그룹 D1a2a는 아이누인·오키나와인·본토 일본인의 3 집단에 많이 볼 수 있는 타입이며, 한반도나 중국인(한민족)에게는 전혀 볼 수 없다.이 하 프로 그룹 D1a2a는 아이누인의88%로 보여지는 것부터, D계통은 한 때의 죠몽인(구석기시대의 시베리아)의 것이다고 생각되고 있다.단 죠몽인의 하 프로 그룹이 D1a2a 뿐이었다 것은 아니고 하 프로 그룹 C1a1도 있었던 것이 알려져 있지만, 다수파로서 현재까지 전해진 하 프로 그룹을 D1a2a라고 말할 수 있다.
하 프로 그룹 D계통은 YAP형(YAP하 프로 타입)이라고도 해 현대 아시아에 대해 지배적인 O계통이나 C2계통과는 분기로부터 7 만년 이상 지날 수 있는 내려 가장 근친이며 같은 YAP형인 E계통과도 6.5만년전에 분기 한 계통이다.현재 D계통은, 일본 열도 이외로 고빈도의 지역은 티벳[12][13]으로 안다만 제도 밖에 없다.
덧붙여 당시의 야요이인이나 현대 동아시아에 있어 지배적인 O계통은, 우랄계의 N계통이나 코카소이드계에 대해 최다적인 R계통등과 근친이며, YAP형(D계통, E계통)과는 완전히 다른 그룹이다.이상로부터 죠몽인으로부터 자연 진화적으로 야요이인이 파생했다고 하는 설은 완전하게 부정되고 있다.
일본 열도에 D계통의 사람들이 들어 온 것은 수만 년전의 최종 빙기 붙어 있음의 시대라고 생각되고 있다.그 증거로 하고, 일본인의 D계통에게만 볼 수 있는 많은 SNP의 발생을 들 수 있다.SNP는 돌연변이에 의해 발생하는 확률적인 사상이기 때문에, 발생수에 의해서 시간의 경과를 알 수 있는 것이다.일본 고유의 D1a2a 계통은 그 발생으로부터 3.5-3.7만년 정도 경과하고 있다고 여겨져[15], 고고학으로부터 구할 수 있는 일본 열도에 최초로 현금 인류 집단이 도래했던 시기와 일치하고 있다.