船匿城が落ちると、元軍は島の人々にも襲いかかりました。その残虐性は、文永の役の際の暴虐にもまさるもので、死体の山が累々と積み重ねられたといいます。弘安の役の舞台となった壱岐東部・芦辺町周辺（瀬戸浦、箱崎など）には、犠牲者を葬った千人塚が今も残されています。
また、文永の役で主な戦場となった勝本町周辺や、弘安の役で主な戦場となった芦辺町周辺には、元軍に追われた人々が身を隠したといわれる「隠れ穴」があります。山へ逃れたけれど、子どもの泣き声で見つかってしまい皆殺しにされたり、怯えて泣き止まない子どもは肉親の手で殺されたとの記録もあります。
元寇の脅威は壱岐では何世代にも渡って語り継がれ、泣き止まない子どもに「ムクリコクリが来るぞ」と言って、いうことをきかせようとする習慣もありました。ムクリは蒙古兵、コクリは高麗兵を意味し、元軍のことを指すとされていますが、これが無慈悲で残酷なことを表す「ムゴイ」という言葉の語源になったともいわれています。
高麗を出発した元軍が最初に襲ったのが日本のちょうど真ん中にあった壱岐・対馬でした。
元軍は壱岐・対馬に上陸するとたちまち島全体を制圧。島の領主は討ち死にし、対馬・壱岐の男性のほとんどは殺され、さらに女性や子供は手に穴を開け、そこをひもで通して船に鎖のように結ばせました。
선 닉 성이 함락되면, 원군은 섬의 사람들에게도 습 있어 걸렸습니다.그 잔학성은, 문장 긴 역때의 포학하게도 뛰어난 것으로, 시체의 산이 루들과 쌓였다고 합니다.홍안의 역의 무대가 된 이키 토부·아시베쵸 주변(세토우라, 하코자키등)에는, 희생자를 매장한 센닌즈카가 지금도 남아 있습니다.
또, 문장 긴 역으로 주된 전장이 된 카츠모토쵸 주변이나, 홍안의 역으로 주된 전장이 된 아시베쵸 주변에는, 원군에 쫓긴 사람들이 몸을 숨겼다고 하는 「숨어 구멍」이 있어요.산에 피했지만, 아이의 울음소리로 발견되어 끝몰살로 되거나 무서워해 울어 그치지 않는 아이는 육친의 손으로 살해당했다는 기록도 있습니다.
원구의 위협은 이키에서는 몇 세대에도 걸쳐서 구전되어 울어 그치지 않는 아이에게 「무크리코크리가 올거야」라고 하고, 말하는 것을 (듣)묻게 하려고 하는 습관도 있었습니다.무크리는 몽고병, 코크리는 고려병을 의미해, 원군을 가리킨다고 여겨지고 있습니다만, 이것이 무자비하고 잔혹한 일을 나타내는 「무고이」라고 하는 말의 어원이 되었다고도 듣고 있습니다.
원군은 이키·대마도에 상륙하면 금새 섬전체를 제압.섬의 영주는 전사해,대마도·이키의 남성의 대부분은 살해당해 한층 더 여성이나 아이는 손에 구멍을 뚫어 거기를 끈으로 통해 배에 쇠사슬과 같이 묶게 했습니다.