１ 建造費: 通常動力型潜水艦の数倍の建造費がかかる。
２ 維持費: 原子炉の点検・燃料交換に費用がかかり、長期不稼働を強いられる場合がある。
３ 廃船・廃炉費用: 廃船・廃炉にも膨大な費用と手間がかかる。
４ 静粛性: 動力源として電動機を使用するディーゼル・エレクトリック方式の潜水艦に比べて、静粛性が劣るので発見されやすい。
５ 人材確保: 原子炉の管理に必要な高度な専門知識を持つ人材の確保が難しい。
６ 燃料交換: 燃料交換が難しく、長期運用には燃料交換が必要な場合もある。
７ 核ジャックへの懸念: 潜水艦を標的とした核ジャックへの懸念も指摘されている。
８ 放射能リスク: 事故時の放射能漏れや、運用に伴う放射性廃棄物の処理問題がある。
핵폭탄을 탑재하지 않는 원자력 잠수함은 반대로 리스크
1 건조비: 통상 동력형 잠수함의 수배의 건조비가 든다.
2 유지비: 원자로의 점검·연료 교환에 비용이 들어, 장기불가동을 강요당하는 경우가 있다.
3 폐선·폐로 비용: 폐선·폐로에도 방대한 비용과 시간이 든다.
4 정숙성: 동력원으로서 전동기를 사용하는 디젤·일렉트릭 방식의 잠수함에 비해, 정숙성이 뒤떨어지므로 발견되기 쉽다.
5 인재 확보: 원자로의 관리에 필요한 고도의 전문 지식을 가지는 인재의 확보가 어렵다.
6 연료 교환: 연료 교환이 어렵고, 장기 운용에는 연료 교환이 필요한 경우도 있다.
7 핵재킹에의 염려: 잠수함을 표적으로 한 핵재킹에의 염려도 지적되고 있다.
8 방사능 리스크: 사고시의 방사능 누출이나, 운용에 수반하는 방사성 폐기물의 처리 문제가 있다.