현재 광개토대왕릉비는 일본인에 의해 훼손되어 발견 당시보다 악화된 상태이기 때문에 연구는 과거 탁본과 대조하며 이루어진다.

本에는 세가지 종류가 존재하는데, 시기별로 雙鉤加墨本, 原石 탁본, 석회 탁본 순서로 만들어진 것이다. 과거 100년전 일본의 연구는 석회 탁본에 의한 것이었는데 현재는 雙鉤加墨本과 原石 탁본의 연구가 진행되어 일본에 의해 만들어진 석회 탁본은 잘못된 것임이 밝혀졌다.

광개토대왕릉비에서 정벌 관련 문장은 모두 어느 나라가 죄를 지었기 때문에 그 나라를 정벌하였다라는 기승전결을 이룬다.

예를들면 거란이 국민을 납치했기 때문에 거란을 정벌하였고, 夫餘가 반역하였기 때문에 夫餘를 정벌 하였던 것이라고 쓰고있다.

대왕이 백제를 정벌한 이유가 쓰여있어야 할 부분은 문제의 辛卯年條가 쓰여있다.

辛卯年條를 100년전 일본의 연구에서는 이렇게 해석하고 있었다.

百殘新羅舊是屬民由來朝貢而倭以辛卯年來渡海破百殘OOO羅以爲臣民

백제와 신라는 옛부터 (고구려의) 屬民으로 조공해왔다. 그런데 辛卯年에 倭가 도해하여 백제와 OO(任那) O(新)羅를 격파하고 臣民으로 삼았다.

.이 문장이 이상하다는 것은 한눈에 알 수 있다.

辛卯年條 다음의 문장은 백제를 정벌한다는 내용이기 때문에 앞에 이미 언급한 기승전결에 따르면 辛卯年條에는 백제를 정벌한 이유가 쓰여있어야 하는데 100년전 일본의 해석에서는 백제를 정벌하는 이유가 아니다.

원래 고구려의 백성이었던 백제가 일본에 격파당했다면 고구려군이 나타났을때 백제는 고구려를 환영하는게 정상이지만 辛卯年條 다음의 문장에서 백제는 다른 부연설명도 없이 바로 고구려에 격렬히 저항하고 일본에 도움을 요청하는 이상한 행동을 보인다. 그리고 태왕의 업적을 나열하는 목적의 비석에서 태왕이 외국에 격파당한 자신의 백성을 다시 공격해 격파하는 나쁜 왕이라고 말하고 있다는 것은 정상으로 보이지 않는다. 그리고 그 어떤 역사서에도, 심지어 그 일본서기에도 일본이 백제를 침공했다는 내용은 존재하지 않는다는 점에서도 상당한 문제가 나타난다. 

이상한 것은 신라에서도 발견된다. 같은 비석의 己亥年(399년)의 문장에서는 일본이 신라를 침공해 民으로 삼으려고 하고 있다는 신라왕의 언급이 나타나는데, 100년전 일본의 辛卯年條 해석에 따르면 신라는 이미 辛卯年(391년)에 일본의 臣民이 되었다고 하지 않았는가? 8년 이후인 己亥年條에서는 어째서 모순된 이야기가 나타나고 있는 것인가?

문맥으로만 봐도 100년전 일본의 辛卯年條 해석은 자신의 목적을 위해 자의적으로 만든 모순이라는 것을 한눈에 알수 있다는 것을 알아보았다.

그리고 현재까지 진행된 雙鉤加墨本과 原石 탁본의 연구로 100년전 일본의 연구에 사용된 석회 탁본은, 변조된 것이라는게 밝혀진다.

(왼쪽이 석회 탁본, 오른쪽이 原石 탁본, 석회 탁본은 석회를 사용해 작위적으로 만든 것이기 때문에 선명하다.)

석회 탁본에서는 「渡海破百殘OOO羅」로 되어있으나,

「海」는 「海」로 판독할 수 있는 글자가 아니었으며, 「海」보다 「每」에 가깝지만 판독할 수 없는 글자를 석회를 사용해 임의로 「海」로 만들었다는게 밝혀졌고,

100년전 일본의 연구에서는 「OOO羅」를 자의적으로 「任那新羅」로 추측하고 있었지만,

「任」이라고 추측하던「O」의 첫부분은 「東」에 가까운 글자였던 것으로 밝혀진다.

「倭滿倭潰」도 석회 탁본에서는 석회를 사용해 「倭滿倭潰」라고 바꾸고 있었지만, 사실은「倭寇大潰」 였던 것도 밝혀졌다.

「倭寇를 大潰시켰다.」 라는 문장을 「倭가 가득차서 倭가 城을 潰 했다.」 라는 의미가 정반대인 것으로 바꾸어 놓았던 것이다.

연구는 현재도 진행중이기 때문에 해석은 여러가지 있지만, 확실해진 것은 과거 100년전 일본의 해석과 일본이 만든 석회 탁본은 연구를 통해 잘못되어 있었다는 것이 확인되었다는 것이다.

지금까지 밝혀진 글자 왜곡은 일본과 관련된 부분이며 모두 일본인의 자의적 해석에 유리하게 변조되어 있었고, 비석에서 가장 훼손이 심한 부분도 일본과 관련된 부분인 것을 고려하면 이것이 단순한 실수와 우연의 연속인지는 의심된다.